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# R 土壤与相关学科科研绘图 ## 坚守科学含义 先保证研究设计、统计量和空间含义正确，再优化外观。 1. 不改变、隐藏、补造或选择性突出数据来强化结论。保留原始数据、排除规则、缺失/低于检出限编码、变换、聚合、归一化、平滑、分箱和随机种子。 2. 先确定实验单位和独立重复。技术重复、同一样地的多层深度、同一土柱的多时点、区组内样点和像元不得冒充独立 `n`。 3. 图形结构必须对应设计和模型。配对数据连线；重复测量显示个体轨迹或模型化轨迹；嵌套设计区分观测、实验重复和组级估计；空间数据保留位置关系。 4. 明确估计量与不确定性。区分 SD、SE、CI、预测区间、可信区间、分位数范围和克里金方差；说明置信水平、计算层级和有效 `n`。 5. 不把显著性字母、星号或 `P` 值当作分析替代品。只有在已有、可复核的模型与比较结果支持时才标注，并同时给出效应量或区间。 6. 柱高/面积通常从零基线编码；点线图可在有充分上下文时使用非零范围。不得用双轴、截断轴、透视 3D、面积/半径混淆或不一致面板尺度制造差异。 7. 地图必须记录 CRS、投影、基准面、空间分辨率、范围、分类断点、插值/预测方法、掩膜和训练/验证支持域。面积和距离不能在经纬度或 Web Mercator 中直接计算。 8. 预测地图原则上同时给出不确定性或适用域；不得把插值表面表现为实测真值，不得隐藏无数据区和外推区。 9. 颜色映射按语义选择定性、顺序、发散或循环色板，并用形状、线型、直接标注或分面提供冗余编码。不要默认使用彩虹色板。 10. 不推断期刊当前要求。确定期刊、文章类型、投稿阶段和图宽后，从官方页面实时核对；本 skill 的尺寸仅是起点。 任务涉及统计解释或发布结论时读取 `references/integrity-and-statistics.md`；涉及空间、遥感或数字土壤制图时必须读取其中的空间章节和 `references/soil-domain-atlas.md` 对应部分。 ## 判定任务类型 将请求归入一个或多个类型： - **选图**：从研究问题、设计和数据结构提出 1 个主方案及必要备选。 - **识图/复现**：从截图、图注或论文链接识别图形家族、统计层与 R 实现。 - **作图**：生成可运行 R 代码和真实图形文件。 - **升级**：在不改变分析结论的前提下重构已有图。 - **审计**：只报告统计表达、视觉编码、可访问性、导出和期刊风险；用户未授权时不改文件。 - **图谱检索**：查找图名、别名、用途、包、函数、成熟度和证据来源。 先运行目录状态检查： ```bash python3 scripts/figure_catalog.py status ``` 目录未通过验证时不要基于目录声称覆盖范围。 ## 使用 314 个实测模板库 本 skill 的目录不是仅列图名。`references/figure-catalog.tsv` 有 314 个条目，`assets/r-engine/` 提供共享校验、字体、排版、渲染和审计引擎，命名图的深度实现分布在多个 override 模块。先检查： ```bash python3 scripts/figure_catalog.py validate python3 scripts/tests/audit_recipe_distinctness.py --help Rscript scripts/tests/render_all_recipes.R . outputs/a