knit-rmd-html

# Knit Rmd → HTML（项目高频场景） ## 目标 Knit/render R Markdown (.Rmd) to HTML reliably in this repo (auto-bootstrap pandoc, set correct knit_root_dir, and run rmarkdown::render via a Python wrapper). 当用户说"knit 出 html / render Rmd / 生成 HTML 报告"时使用本 skill。 版本由 `config.yaml:skill_info.version` 统一管理。 ## 流程 ### 输入 输入为待渲染的 `.Rmd` 路径；可选输入包括项目根目录、输出文件路径、Pandoc 版本/下载选项和 `rmarkdown::render` 参数。渲染前需确认项目 `knit_root_dir`、R 和必要模板资源可用。 ### 执行步骤 #### 直接用法 - 在仓库根目录执行： - `python3 skills/knit-rmd-html/scripts/knit_rmd_html.py <input>.Rmd` - 输出默认写到 `<input>.Rmd` 同目录：`<input>.html` #### 常用参数 - 指定输出文件： - `python3 skills/knit-rmd-html/scripts/knit_rmd_html.py <input>.Rmd -o <output>.html` - 指定 pandoc 版本（默认 `3.8.3`）： - `python3 skills/knit-rmd-html/scripts/knit_rmd_html.py <input>.Rmd --pandoc-version 3.8.3` - 不自动安装依赖（只做检测；缺什么就报错）： - `python3 skills/knit-rmd-html/scripts/knit_rmd_html.py <input>.Rmd --no-install` - 静默渲染输出： - `python3 skills/knit-rmd-html/scripts/knit_rmd_html.py <input>.Rmd --quiet` #### 设计要点（为何这样做） - **不依赖 R 写脚本**：外层用 Python 做编排与环境自检；真正的 knit 仍由 `rmarkdown::render()` 执行。 - **自动补齐 pandoc**：若系统无 `pandoc`，自动下载安装到 `~/.local/pandoc/` 并将 `~/.local/bin` 放到子进程 `PATH` 前面。 - **兼容 Windows ZIP**：安全解压后递归寻找唯一的 `pandoc` / `pandoc.exe`，兼容根目录与 `bin/` 布局并拒绝歧义结果。 - **输出编码稳定**：Rscript 日志始终按 UTF-8 解码并保留真实退出码，不依赖 Windows 控制台 locale。 - **相对路径更稳**：用 `knit_root_dir=dirname(input)`，确保 Rmd 内 `source("xxx.R")` 等相对路径在 knit 时仍可用。 #### 工作原理 1. **环境检测**：检查 `pandoc` 和 `Rscript` 是否在 PATH 中 2. **...