onescience-infer

# OneScience Infer ## 职责 将本技能作为科学模型推理任务的执行工作流。把 orchestrator 交给本技能的当前步骤，例如“为 HuggingFace checkpoint 生成推理入口”“使用本地 checkpoint 跑一次材料性质预测”“准备生信模型输入并执行推理”“验证流体仿真 surrogate 输出”，转化为从模型知识获取到结果验证的可追踪闭环。 本技能只消费当前执行步骤，不重新规划完整用户目标。本技能负责推理工作流契约和阶段顺序；当代码实现、数据构建或运行提交由已有执行技能更适合负责时，应将当前步骤交接给对应技能。依赖包、硬件和运行环境需求不单独成阶段，而是在推理执行阶段交给 `onescience-runtime`。 ## 工作流 创建或更新工作目录： **产物路径规则：** - `repro_artifact_dir`：所有可复现推理产物的根目录，默认 `<work_dir>/repro_artifacts/<run_id>/`。该目录与源码目录（如 `paper_cases/`）强制隔离，不得将推理脚本、输出结果散落在案例源码目录中。 - `repro_artifact_dir/code/`：生成的推理启动器脚本、runner 等代码产物（默认 = `code_save_dir`） - `repro_artifact_dir/outputs/`：推理输出结果（mmCIF、confidence JSON、ranking CSV 等） - `repro_artifact_dir/logs/`：运行日志 - `repro_artifact_dir/.infer_work/`：中间知识产物（= `infer_workdir`） - `code_save_dir` 用于保存最终代码入口和 runner。若上游已显式提供 `step_handoff.inputs.runtime.code_save_dir`，优先使用；若未提供，默认 = `<repro_artifact_dir>/code/`。 - `infer_workdir` 用于保存模型知识、计划、manifest、runtime 请求/结果、验证报告等 infer 中间知识产物，默认 = `<repro_artifact_dir>/.infer_work/`。若上游已显式提供 `step_handoff.inputs.runtime.infer_workdir`，则直接使用该目录。 - 若上游未提供 `code_save_dir`，但 `step_handoff.inputs.runtime.workdir`、`task_context.relevant_artifacts` 或用户明确指定了工作目录，则 `repro_artifact_dir` 首选 `<work_dir>/repro_artifacts/<run_id>/`；否则兼容性回退到 `.onescience/infer/<run_id>/`。 - 进入具体代码生成或执行阶段时，必须从 `infer_workdir` 中已保存的知识文件读取并交接，不依赖未落盘的会话上下文。 **GPU 分配规则：** - 禁止将论文协议参数（如 seed 数量）硬编码为 GPU 数量。`seed_count`（协议参数）、`gpu_count`（硬件资源）、`worker_count`（并发工作单元）必须分别建模为独立变量。 - 代码生成和执行阶段必须通过 `nvi...