bensz-rmd-rules

# bensz-rmd-rules ## 目标 规范 AI 开发 R Markdown 分析脚本的行为准则。当用户要求"写 Rmd 分析"、"开发 R 脚本"、"做数据分析"时触发。核心原则：遵循主业与副业分离架构（.R 保留完整数据，.Rmd 应用业务阈值），优先使用用户已有 R 包资源；图表默认按 Nature 级别可读性与出版质量生成；专家级解读兼顾弱背景读者，提供四层框架、指标导读与不常用指标首次解释协议；路径验证确保跨平台兼容性。前提：luckyBase 为硬依赖。 ## 流程 ### 输入 输入为项目的 `.R`/`.Rmd` 文件、已有 R 包资源、数据字典、分析目标和输出要求；运行前确认 `luckyBase::Plus.library()` 可用，并读取 `config.yaml`、模板和与当前分析直接相关的 references。 ### 执行步骤 #### 核心原则概览 | 原则 | 核心要求 | |------|----------| | 现有资源优先 | 优先使用用户已有的 R 包和函数，不重复造轮子 | | 人类可读 | 代码简洁优雅，天然适合人类审查 | | 混合架构 | .R 负责数据处理/计算（保留完整数据），.Rmd 负责可视化/分析（应用业务阈值） | | 函数分离 | 专用函数脚本 `_functions.R`，避免污染全局环境 | | 数据筛选分离 | .R 不应用阈值筛选（方便审查原始状态），.Rmd 根据业务需求应用阈值（确保分析价值） | | 不过度保护 | 避免过多防御性代码，以人类为中心 | | 跨平台兼容 | 代码在 macOS/Linux/Windows 上均可运行，路径使用相对路径 | | 完整因果链 | 代码前解释"为什么"，结果后解读"意味什么" | | 分层指标解释 | 默认读者背景较弱；不常用指标先导读、首次详解、后续简写 | #### 现有资源优先原则 ##### R 包资源清单 优先使用用户已有的 R 包资源。完整包清单详见 `[config.yaml:r_packages]`，主要包括： | 包名 | 用途 | 典型场景 | |------|------|----------| | **ccs** | 泛癌症基因组分类计算框架 | 癌症分型、亚型分类 | | **GSClassifier** | 转录组学综合分类工具 | 基因签名分类、预测模型 | | **lucky** | 常规 R 函数集合 | 生存分析、差异表达、可视化 | | **luckyBase** | lucky 系列基础辅助包 | 包管理、基础工具函数 | | **luckyExperiment** | 生物学实验数据处理 | 实验数据处理 | | **luckyGEO** | GEO 数据下载与处理 | GEO 数据下载、处理 | | **luckyModel** | 第三方生物信息学模型 | 模型集成、预测 | ##### luckyBase 强制要求（硬性规定） **⚠️ 关键 1：luckyBase 必须强制加载** luckyBase 是本技能的核心依赖，必须强制加载，不得跳过或提供降级方案。 **⚠️ 关键 2：必须使用 luckyBase::Plus.library 自动安装/加载包** ```r # 正确做法（强制） luckyBase::Plus.library("ggplot2") luckyBase::Plus.library("DT") # 错误做法...